پس از کشته شدن جعفرخان سر جانشینی او بین امرای زند اختلاف بوجود آمد.بالاخره حاجی ابراهیم کلانتر فارس در نهایت فداکاری سپاهی فراهم آورد و لطف علی خان فرزند جعفرخان را که در آن تاریخ در غرب فارس می زیست به شیراز خواست و در 15 شعبان سال 1203 ه.وی را که 22 سال داشت بر تخت نشاند و مدت شش سال فرمانروایی نمودو البته در تمام این مدت به مبارزه با رقیب نیرومند خویش آقا محمدخان قاجار پرداخت.لطفعلی که از همان آغاز نوجوانی،همراه پدر در جنگها شرکت می جست، تیر اندازی تیزبین،شمشیرزنی قهار و دلاوری بی باک بارآمد.

او جوانی فوق العاده خوش سیما بود. چهره ای جذاب،قامتی کشیده و اندامی باریک و قوی و چالاک داشت.لطف علی خان به همه کرم می کرد و هر کس برای حاجتی به او مراجعه می نمود بدون نصیب نمی ماند.با توجه به این فضایل اخلاقی و علاقه ی شدیدی که مردم فارس به سلطنت خاندان زند داشتند چنین به نظر می رسید که لطف علی خان عظمت و اقتدار زمان کریم خان را بار دیگر تجدید خواهد کرد اما با وجود حریف سرسختی چون آقا محمدخان قاجار و حوادث غیرمنتظره ای که در دوران سلطنت او روی داد این امید به یأس مبدل گردید.

او اولین کار بزرگی که پیش گرفت این بود که سه جاده شوسه بین شیراز و بوشهر و شیراز و بندرعباس و شیراز و بندرلنگه احداث کند. احداث این سه جاده در آن عصر یکی از کارهای بزرگ عمرانی بود که سلاطین سلف نکرده بودند و دومین کار بزرگی که در صدد بود انجام دهد ساختن سدی روی رودخانه ی موند بود تا آب آن رودخانه را بر اراضی طرفین رودخانه سوار کند. رودخانه موند رودی است که از کوههای فارس سرچشمه می گیرد و در گذشته بدون استفاده به خلیج فارس می ریخت. اگر آن سد ساخته می شد قسمت وسیعی از فارس که استفاده نشده بود یکی از حاصل خیزترین مناطق دنیا می گردید و اگر سه جاده را که می خواست احداث نماید به اتمام می رسید بسیار در توسعه ی آبادی و بازرگانی فارس مۆثر می گردید. اما جنگ های لطف علی خان با آقا محمدخان قاجار مانع از آن شد که آن جوان روشن فکر بتواند آن کارها را انجام دهد.اما نیت او نشان داد که استعداد زمام داری وی خیلی بیش ازمعاصرینش می باشد و از لحاظ داشتن لیاقت برای زمام داری با وجود جوانی دو قرن از معاصرینش برتری داشت .

او با این که جوانی دلیرو سلحشور بود، ذوق ادبی داشت وشعر می گفت و چند شعر که از وی باقی مانده نشان میدهد که یک شاعر با استعداد و خوب بوده است.وی علاوه بر اقدامات عمرانی در اولین سال سلطنت خود یک کار ادبی هم کرد و عده ای از شعرا و فضلای شیراز را مأمور نمود که با همکاری، اشعار حافظ را مورد مطالعه قرار دهند و آن قسمت از اشعار وی را که به طور حتم از او نبود را جدا نمایند.

در ابتدا ممکن است که این کار ساده جلوه کند و به نظر رسد که لطف علی خان کاری جالب توجه نکرده است ولی از نظر معنوی دارای اهمیت می باشد و نشان میدهد که لطف علی خان زند بیش از تناسب سن خود دارای ذوق و اطلاع ادبی بوده است. تصور می شد که بیشتر دشمنی آقا محمد خان قاجار به لطفعلی به خاطر زیبایی او بوده است یعنی لطف علی به خاطر زیبایی خود محسود او شده بود.

امابا به تخت نشستن لطفعلی خان،آقامحمدخان قاجار به سرعت روبه سوی شیراز نهاد و سرانجام در منطقه ای به نام هزار بیضا در پنج فرسنگی شیراز جنگ در گرفت که البته به سبب فرار محمدخان،عموی لطفعلی خان،زندیان شکست را پذیرا شده و به داخل شهر پناه بردند و قاجارها شیراز را محاصره نمودند،اما پس از اندکی به سبب برج و باروی شیراز و کمبود آذوقه و خوراک دامها ناچار به ترک محاصره گشتند.

خان زند پس از این ماجرا به تدارک سپاه و تجهیز ان دست یازید و به سوی کرمان تاخت و آن را در محاصره گرفت اما چندی از محاصره نگذشته بود که با فرا رسیدن زمستان،سپاه با کمبود آذوقه روبرو گشته و در نتیجه خان جوان بدون نیل به هدف ناگزیر به سوی شیراز بازگشت.

پس از این واقعه،لطفعلی خان زند تصمیم به افزودن اصفهان بر قلمروی خویش گرفت که در دستان حاکم قاجاری بود،بنابر این رو به سوی آن دیار نهاد.در این هنگام توطئه ای از سوی برخی بزرگان شهر از جمله حاجی ابراهیم خان کلانتر در شرف تکوین بود تا خان زند را سر به نیست کنند.به محض خروج شاه زند از شیراز حاجی ابراهیم به اجرای نقشه خود اقدام نمود و امرای طرفدار خان زند را دستگیر و به برادرش که در اردوی لطفعلی خان بود خبر داد که شورشی را در سپاه تدارک بیند.نتیجه آنکه خان ناکام زند با اندک یاران وفادار رو به سوی شیراز نهاد غافل از آنکه مرکز فرماندهی شورشیان شیراز می باشد.هنگامیکه او به پشت دروازهای شیراز رسید با بسته بودن دروازه های شهر از خیانت حاجی ابراهیم آگاه گردید و تلاش نمود تا وارد شهر گردد،اما حاجی ابراهیم کلانتر با تهدید سپاهیان او مبنی بر اینکه زن و فرزندانشان را در شیراز دستگیر و به قتل خواهد رساند توانست اندک یاران جوان دلاور زند را نیز از او جدا نماید و در نتیجه خان زند به اتفاق باقی مانده یاران که شمارشان از شمار انگشتان دست کمتر بود رو به سوی دشتستان گریخت.

پس از این اتفاقات ناگوار،حاکم بندر ریگ در حد توان خویش سپاهی فراهم ساخت و در اختیار خان جوان زند نهاد.و البته او با همین سپاه اندک شیخ بوشهر و حاکم کازرون را که به حاجی ابراهیم خان کلانتر پیوسته بودند شکست داده و سپس در دشت زرقان فارس مستقر گردید.حاجی ابراهیم دو دسته سپاه برای جلوگیری از پیشرویهای او فرستاد و لیکن هر دو سپاه به سختی شکست را پذیرا گشتند.

با شکستهای پیاپی خائنان،حاجی ابراهیم خان کلانتر از بیم خشم و انتقام لطفعلی خان،به ناچار رو به سوی آقا محمدخان آورد و از او یاری خواست.آقامحمدخان بیست هزار نیرو برای نبرد با خان زند و کمک به کلانتر خائن فرستاد.اما دلاور بی باک زند با سه هزارنفر سپاهی راه بر آنان بست و در صحرای قبله شیراز این سپاه را درهم شکست و متواری ساخت.پس از این نبرد خان قاجار که حریف را بی باک می یافت خود شخصا با نیرویی بین سی تا چهل هزارنفر رهسپار شیراز گردید و در نخستین روزهای شوال سال 1206 ق در منطقه ای به نام شهرک در چهارده فرسنگی شیراز اردو زد.و بدین ترتیب نبرد اجتناب ناپذیر گشت .

در این نبرد دگربار خان زند و سپاهیانش جلوه های درخشانی از دلیری و فداکاری از خویش به یادگار نهادند و در یکی از شبیخونها لطفعلی خان تا نزدیک خیمه خان قاجار پیش رفت و اردوگاه دشمن زیر و رو شد و سپاهیان قاجار فرار را بر قرار ترجیح دادند.اما در این هنگام  و در آستانه پیروزی نهایی،دلاور بی تجربه زند گفتار یکی از زیردستان خائن خود که ادعای فرار خان قاجار را می نمود باور کرد و دستور توقف نبرد را صادر کرد و فقط به هنگام روشن شدن هوا و در هنگامیکه بسیاری از سپاهیان او پس از تاراج و چپاول اردوی قاجار به مرودشت بازگشته بودند و فقط پانصد نیرو به جای مانده بودند که از خیانت آگاه گردید و به ناچار رو به سوی کرمان نهاد تا بتواند سپاه جدیدی تدارک بیند.و بدین ترتیب آقامحمدخان به شیراز وارد گشت و دستور داد تا گور کریم خان زند را بشکافند و جنازه او را به تهران انتقال دهند تا در جایی که همیشه زیر گامهایش باشد دفن کنند.

خان زند بعد از اشتباه بزرگ خویش و در حالی که به سوی کرمان می گریخت بازهم با خیانت یارانش روبرو گشت که او را تنها گذاشته و گریختند.بدین ترتیب او ناگزیر به حاکم طبس پناهنده شد.خان طبس در حدود دویست سپاهی در اختیار جوان دلاور اما بی تجربه زند نهاد و البته لطفعلی خان با همین سپاه کم شمار توانست که سپاهی عظیم را شکست داده و یزد را به تصرف خویش در آورد.پس از اندک زمانی بزرگان بم به خان زند پیوستند و او با نیرویی که شمارگانش به سیصد نفر می رسید برای تسخیر کرمان به راه افتاد  و با وجود آنکه مدافعان و اهالی شهر سرسختانه می جنگیدند سرانجام چاره ای به جز تسلیم شدن به خان بی باک زند را نیافتند.

آقا محمدخان با شنیدن این خبر دریافت که حریف دگربار در حال قدرت یابی است،بنابراین بی درنگ رو به سوی کرمان نهاد  و کرمان را محاصره نمود.این محاصره چهارماه به طول انجامید و در این مدت بنا به برخی روایات نیمی از مردم کرمان جان خویش را از دست دادند.امابه هرحال با وجود دفاع دلاورانه و سرسختانه یاران لطفعلی خان و در حالیکه حتی یکبار گروهی نزدیک به چهارهزارنفر از لشگریان قاجار را که به شهر نفوذ نموده بودند از دم تیغ گذراندند دگربار خیانت پیشگان وسایل شکست را تدارک دیدند.و سربازان قاجاری به شهر وارد شدند.با این وجود دلاور زند با پایمردی و رشادت در برابر ایشان مقاومت نمود و آنگاه در تاریکی شب با سه تن از یاران نزدیک خویش به قلب سپاه انبوه دشمن تاخت و موفق شد که از کرمان خارج شود و به سوی بم بگریزد.چون آقامحمدخان از فرار لطفعلی خان آگاه شد،با خشم و غضبی که ناشی از کینه شدید او نسبت به خاندان زند بود،دمار از روزگار مردم کرمان برآورد و دستور داد هشت هزار نفر زن و بچه آن شهر را بسان کنیزکان و غلامان میان سپاهیان تقسیم نمایند و گروهی بسیار از مردان را نابینا سازند و یا به قتل رسانند.

اما لطفعلی خان که به حاکم بم پناه برده بود دگربار دچار خیانت گردید.خان جوان زند در روز چهارشنبه پنجم ربیع الثانی سال 1209 ق پس از روبرو گشتن با حمله یاران حاکم بم و در حالیکه تنها و بی یاور مانده بود به مبارزه ای دلیرانه برخواست و سرانجام پس از ساعتی نبرد نابرابر زخمی و اسیر گردید.وی را در حالیکه در نبرد با دشمنان زخم های سختی را بر بازو و پیشانی برداشته بود به کرمان نزد خان قاجار بردند. او که خون بسیاری را از دست داده بود با همان حال نزار در برابر آغامحمد خان ایستاد و بدو سلام نداد و وی را خوار داشت.

آغامحمد خان نیز دستور داد که اصطبل‌بانانش که از ترکمانان بودند وی را مورد تجاوز جنسی قرار دهند.

فردای آن روز وی را باز به پیش خان قاجار آوردند در حالیکه دیگر هوشی در تن نداشت و آب هم بدو نداده بودند و وی را بر روی زمین می‌کشیدند.به گزارش تاریخنویسان خان قاجار با نیشخند بدو گفت که:هان لطفعلی خان! هنوز هم غرور داری؟ واپسین شاه زند که دیگر توان سخن گفتند نداشت تنها سرش را بالا برد و با خشم بدو نگریست.این ایستادگی خان قاجار را به خشم آورد و دستور نابینا کردن او را دادو سپس به تهران فرستاده شد و پس از تحمل شکنجه های بسیار بود،که او را به فرمان خان قاجار به قتل رساندند .

پیکرش را در امامزاده زید در بازار قدیمی تهران به خاک سپردند.امروزه سنگ گوری بر خاکش نهاده‌اند که خرجش را بازاریان تهران پرداخت نمودند.